WWW.KONF.X-PDF.RU
БЕСПЛАТНАЯ ЭЛЕКТРОННАЯ БИБЛИОТЕКА - Авторефераты, диссертации, конференции
 

Pages:     | 1 ||

«Оценка микробиоты ротовой полости у детей с онкогематологическими заболеваниями ...»

-- [ Страница 2 ] --

Создание базы данных результатов проводимых исследований Современная микробиология при изучении свойств микробных сообществ и отдельных микроорганизмов использует как традиционные, так и большое количество новых, особенно молекулярно-генетических методов исследования. Все эти методы продуцируют огромное количество информации в разнообразных форматах (тексты, графики, фотографии). Так же, в результате опытов накапливаются штаммы бактерий, хранящиеся в разных условиях, пробирки с ДНК микроорганизмов, микропрепараты мазков, пригодных для длительного хранения.

Большой объём результатов исследований требует очень быстрой и чёткой систематизации с возможностью доступа одновременно к результатам различных этапов нескольких опытов. В связи с этим, нами была создана уникальная база данных "Microbes".

База данных "Microbes" разработана нами специально для использования в научных исследованиях, выполняемых на кафедре микробиологии, вирусологии и иммунологии ПСПбГМУ им. ак. И.П. Павлова, на которую получено свидетельство ФИПС №2013620895 от 08 августа 2013 года.

Структура базы представлена таблицами, предназначенными для хранения атрибутивной и графической информации, а также таблицами, предназначенными для графического представления информации пользователю. В базе используются одновременно две различные модели систематизации материала. Основной является иерархическая модель, в которой каждый этап опыта связан с предыдущим, что даёт возможность как отслеживать динамику результатов этапов, относящихся к разным уровням (этапы выделения бактерий, входящих в микробные сообщества), так и собирать в одной вкладке результаты, относящиеся к одному уровню, в том числе, получаемые в разные дни (биохимическая идентификация, анализ гена 16S рРНК и др.). Вторая модель используется для учёта хранящихся штаммов, праймеров и публикаций. Хранение информации происходит на созданном нами удалённом сервере, тем самым, достигается возможность работы с базой одновременно нескольких сотрудников, при этом информация автоматически обновляется.

Разработанная база данных предназначена, в первую очередь, для исследований, направленных на многопрофильное научное изучение большого числа микроорганизмов. База позволяет не только контролировать и анализировать большие объёмы разнородной информации, но и оперативно сравнивать данные, полученные разными специалистами, работающими в этом проекте.

Заключение В ходе проведённого экспериментального исследования выполнено сравнение микробиоты слюны здоровых детей и детей с онкогематологическими заболеваниями.

Основной акцент сделан на выделение смешанных микробных сообществ и оценку свойств образующих их микроорганизмов. Установлено, что все они включают формально не родственные бактерии разных морфотипов, а в некоторых случаях грибы рода Candida. Показана относительная стабильность смешанных сообществ, сохраняющаяся при их пересевах на разные питательные среды. В смешанных сообществах, полученных из микробиоты больных детей, обнаружены бактерии, не встречавшиеся в настоящей работе у здоровых детей. Среди таких бактерий из бактериальных сообществ были изолированы Грам-положительные кокки.

Секвенирование полного генома и гибридизация ДНК с формально схожими микробами, его составление и аннотирование позволили установить, что изолированный из смешанных микробных сообществ микробиоты детей с онкогематологическими заболеваниями штамм Грам-положительных кокков является ранее неизвестным, новым видом бактерий рода Streptococcus. Данный штамм зарегистрирован в NCBI под № CP007628. Изучение генома изолированного штамма позволило идентифицировать в его составе гены патогенности, в частности, гемолизин, адгезины и антибиотикоустойчивости. Полученные в этой части работы результаты впервые показали существование ранее неизвестных, потенциально патогенных бактерий, имеющих различные гены устойчивости к антибиотикам в составе устойчивых смешанных микробных сообществ микробиоты слюны детей с онкогематологическими заболеваниями.

Разработана новая, оригинальная, не имеющая аналогов, база данных, защищённая патентом РФ №2013620895 от 08 августа 2013г.

ВЫВОДЫ

1. Определено, что нормальная микробиота здоровых и страдающих онкогематологическими заболеваниями детей не идентична. Микрофлора слюны больных детей отличается обеднённым разнообразием культивируемых бактерий (в данном исследовании у детей с онкогематологическими заболеваниями в исследуемом материале отсутствовали представители родов Corynebacterium, Ruminococcus, Capnocytophaga, Serratia), наличием дрожжеподобных грибов рода Candida. Среди бактерий, выделенных от больных детей чаще встречалась резистентность к испытанным антибиотикам.

2. В составе микрофлоры ротовой полости детей, проходивших терапию в связи с онкогематологическими заболеваниями (ОЛЛ; МДС; Синдром Костмана; ОМЛ), в слюне в составе смешанных микробных сообществ выделены бактерии, не встречавшиеся в группе здоровых детей. Данные бактерии, по результатам сравнительного анализа гена 16S рРНК, rpoD, всего генома, виртуальной ДНК гибридизации, данных протеомного и биохимического анализов, морфологических и культуральных свойств были идентифицированы как новый, ранее неизвестный вид рода Streptococcus.

3. Впервые изучен геном нового, выявленного вида стрептококков, который содержит различные гены патогенности и антибиотикоустойчивости (бета-лактамаза класса А, устойчивость к гликопептидам), которые не транслируются в использованных стандартных условиях определения этого признака, что свидетельствует о существовании ранее неизвестных условно-патогенных бактерий в микробиоте слюны детей с онкогематологическими заболеваниями.

4. Создана специальная, оригинальная электронная база данных результатов проводимых исследований, позволяющая оперативно суммировать, сохранять и анализировать информацию, связанную с культивированием смешанных микробных сообществ, с разделением отдельных их компонентов и идентификацией на основе бактериологических, бактериоскопических, биохимических и молекулярногенетических методов.

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

1. Представленные данные о видовом составе микрофлоры слюны здоровых детей могут быть использованы для проведения дальнейших исследований в области микробиоты детского возраста, а так же для изучения влияния микроорганизмов представителей нормальной микрофлоры на процессы формирования и становления органов и систем организма человека, развитие соматических заболеваний.

2. Данные о видовом составе микрофлоры слюны детей с онкогематологическими заболеваниями, полученные в данном исследовании, могут быть использованы при изучении роли бактерий в формировании мукозита, возникающего в ходе цитостатической терапии, а так же служить ориентиром при выявлении причин афибрильного лейкоцитоза у этих групп детей.

3. В процессе комплексного изучения смешанных микробных сообществ возможно использование электронной базы данных для систематизации результатов.

Перспективы направления дальнейшей разработки темы Дальнейшие исследования будут направлены на разработку видоспецифичных праймеров для выявления выделенного нового микроорганизма среди различных групп пациентов, что позволит оценить распространённость данного вида у здоровых и больных людей, оценить вклад этой бактерии в развитие патологических состояний и изучить взаимодействие с организмом.

Продолжение изучения микробиоты детей разных возрастных групп для определения особенностей состава микрофлоры при различных заболеваниях и у здоровых детей, создание новых алгоритмов выделения пока не культивируемых бактерий.

Список работ, опубликованных по теме диссертации

1. Тец, Г.В., Новые подходы к изучению условно-патогенных бактерий микрофлоры ротовой полости человека / Г.В. Тец, Н.К. Артеменко, Н.В.

Заславская, Д.С. Викина, В.В. Тец, М.Ф. Вечерковская, А.А. Доморад, Харламова В.В. // Стоматология. – 2013. – Т. 92, №1. – С. 14-16.

2. Тец, В.В., Микробы, неизвестные как представители нормальной микрофлоры ротовой полости человека / В.В. Тец, М.Ф. Вечерковская, А.А.

Доморад, Д.С. Викина, Д.В. Михайлова, Е.И. Онищенко, Г.В. Тец, Ю.A.

Трофимова, В.В. Харламова // Ученые записки СПбГМУ им. И.П.Павлова. – 2012. - Т. 19, N 3. - С. 113-116

3. Тец, Г.В., Неизвестные условно-патогенные бактерии представители микрофлоры человека как возможные возбудители пневмонии / Г.В. Тец, Д.С.

Викина, М.Ф. Вечерковская, Доморад А.А., Харламова В.В., Тец В.В. // Пульмонология и аллергология. - 2013. - №1. -С. 32-34

4. Тец, В.В., Неизвестные возбудители заболеваний в микрофлоре ротовой полости человека, актуальные для оториноларингологии / В.В. Тец, Г.В. Тец, Д.С. Викина, М.Ф. Вечерковская, В.В. Харламова // Вестник оториноларингологии. - 2014. - №1. – С. 33-36

5. Вечерковская, М.Ф., Неизвестные бактерии в микрофлоре ротовой полости детей с онкогематологическими заболеваниями / М.Ф. Вечерковская, Г.В. Тец, В.В. Тец // Клиническая онкогематология. – 2014. – Т. 7, № 2. – С. 229Vecherkovskaya M. F., Complete Genome Sequence of the Streptococcus sp. Strain VT 162, Isolated from the Saliva of Pediatric Oncohematology Patients / M. F.

Vecherkovskaya, G. V. Tetz, V. V. Tetz // Genome Announcements // July/August. - 2014.

2 - № 4 (doi:10.1128/genomeA.00647-14) Получено свидетельство о государственной регистрации базы данных «Microbes»

№2013620895 от 08 августа 2013г. Федеральной службы по интеллектуальной собственности. Авторы: Вечерковская М.Ф., Тец В.В.

Список сокращений ПЦР – полимеразная цепная реакция ОМЛ – острый миелобластный лейкоз ОЛЛ – острый лимфобластный лейкоз МДС – миелодиспластический синдром



Pages:     | 1 ||

Похожие работы:

«ДОБРЕНЬКОВ ДМИТРИЙ СЕРГЕЕВИЧ ХАРАКТЕРИСТИКА БИОЦЕНОТИЧЕСКИХ ОТНОШЕНИЙ БАКТЕРИАЛЬНЫХ СООБЩЕСТВ ПОЛОСТИ РТА И МИКРОЭКОЛОГИЧЕСКОЕ ОБОСНОВАНИЕ ПРИНЦИПОВ БИОКОРРЕКЦИИ 03.02.03 – Микробиология Автореферат диссертации на соискание ученой степени кандидата медицинских наук Волгоград Работа выполнена в Государственном бюджетном образовательном учреждении высшего профессионального образования «Волгоградский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения...»

«ГУЛЬ ШАХ ШАХ МАХМУД БИОЛОГИЧЕСКИЕ ОСОБЕННОСТИ ЦИТРУСОВОЙ МИНИРУЮЩЕЙ МОЛИ (Phyllocnistis citrella Stainton) В УСЛОВИЯХ ЮГО-ВОСТОЧНОГО АФГАНИСТАНА Специальность 06.01.07 – Защита растений АВТОРЕФЕРАТ диссертации на соискание ученой степени кандидата сельскохозяйственных наук Душанбе – 2014 Работа выполнена на кафедре защиты растений Таджикского аграрного университета им. Шириншоха Шотемура Научный руководитель: Кахаров Кахар Хабибуллаевич доктор сельскохозяйственных наук,...»

«Шуман Леонид Александрович ГИСТОПАТОЛОГИЧЕСКИЕ ИЗМЕНЕНИЯ И РЕПРОДУКЦИОННЫЙ ПОТЕНЦИАЛ У РЫБ В ВОДОЕМАХ ОБЬ-ИРТЫШСКОГО БАССЕЙНА С РАЗЛИЧНОЙ АНТРОПОГЕННОЙ НАГРУЗКОЙ 03.02.06 – ихтиология АВТОРЕФЕРАТ диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук Москва, 2015 Работа выполнена в Центре экологических исследований и реконструкции биосистем Института Биологии Тюменского государственного университета Научный руководитель: доктор биологических наук, доцент Селюков...»

«Подсвирова Ирина Александровна Микробиологический мониторинг патогенов гнойновоспалительных заболеваний в хирургических отделениях и отделении реанимации и интенсивной терапии в многопрофильном стационаре 03.02.03 – микробиология Автореферат диссертации на соискание учёной степени кандидата медицинских наук Москва — 2014 Работа выполнена в ГБОУ ВПО Ставропольский государственный медицинский университет Минздрава Российской Федерации Научные руководители: Миронов Андрей...»

«Овчинникова Зинаида Алексеевна ГИГИЕНИЧЕСКАЯ ОЦЕНКА ВЛИЯНИЯ УСЛОВИЙ ОБУЧЕНИЯ НА ЗДОРОВЬЕ ШКОЛЬНИКОВ МЕДИКО-БИОЛОГИЧЕСКИХ КЛАССОВ 14.02.01 – гигиена Автореферат диссертации на соискание ученой степени кандидата медицинских наук Москва 2015 Работа выполнена на кафедре гигиены государственного бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н. И. Пирогова» Минздрава России Научный...»

«Абросимова Светлана Борисовна Совершенствование методов селекции картофеля на устойчивость к золотистой цистообразующей нематоде (Globodera rostochiensis (Woll.) Специальность: 06.01.05 – селекция и семеноводство сельскохозяйственных растений АВТОРЕФЕРАТ диссертации на соискание учёной степени кандидата сельскохозяйственных наук Москва – 2014 Диссертационная работа выполнена в Государственном научном учреждении Всероссийский научно-исследовательский институт картофельного...»

«НИКИТИНА ЕКАТЕРИНА ГЕННАДЬЕВНА ПАТТЕРН ЭКСПРЕССИИ микроРНК ПРИ ПРЕДОПУХОЛЕВЫХ ЗАБОЛЕВАНИЯХ И РАКЕ ГОРТАНИ 14.01.12 – онкология АВТОРЕФЕРАТ диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук Томск Работа выполнена в федеральном государственном бюджетном научном учреждении «Томский научно-исследовательский институт онкологии» и Национальном исследовательском Томском государственном университете Научный руководитель: доктор биологических наук Литвяков Николай...»







 
2016 www.konf.x-pdf.ru - «Бесплатная электронная библиотека - Авторефераты, диссертации, конференции»

Материалы этого сайта размещены для ознакомления, все права принадлежат их авторам.
Если Вы не согласны с тем, что Ваш материал размещён на этом сайте, пожалуйста, напишите нам, мы в течении 1-2 рабочих дней удалим его.